《科學學與科學技術管理》雜志2007年第1期刊登了中國管理科學研究院科學學研究所武書連、呂嘉、郭石林的《2007中國大學評價》。清華大學以296.77分的絕對優勢名列第一名，北京大學、浙江大學分別以222.02分、205.65分獲得第二、第三名。自1997年《科學學與科學技術管理》雜志按年度發表武書連主持的《中國大學評價》以來，清華大學已經連續11年位居榜首。清華大學、北京大學、浙江大學以穩定的優勢，連續8年保持中國大學前三名。進入前10名的大學依次還有：第4名上海交通大學，第5名南京大學，第6名復旦大學，第7名華中科技大學，第8名武漢大學，第9名吉林大學，第10名西安交通大學。與上一年度的前10名相比，前四名不變，第7、8、9名不變。南京大學由第6名上升到第5名，復旦大學由第5名下降到第6名，西安交通大學進入前10名，中山大學沒有進入前10名。

    武書連指出，本年度清華大學得分上升近30分的原因是北京協和醫學院的臨床醫學得分計入了清華大學。2006年中國協和醫科大學更名為北京協和醫學院，又名清華大學北京協和醫學院，自2007年開始，以清華大學北京協和醫學院的名義招收臨床醫學本科生和研究生。因此，《中國大學評價》課題組將北京協和醫學院的臨床醫學部分計入清華大學。北京協和醫學院的基礎醫學、預防醫學、生物學等不以清華大學的名義招生，不計入清華大學得分。

    他說，與合并相反，中國地質大學原在武漢和北京的兩個校區經教育部行文，已經正式成為兩個獨立的辦學實體。校名分別為：中國地質大學（武漢）、中國地質大學（北京）。因此，自2007年度起，對中國地質大學（武漢）、中國地質大學（北京）都單獨評價。不過，原中國地質大學是211工程大學，分開后的兩所大學是否都是211工程大學還未見正式公布，課題組暫均以211工程大學對待之。

   《中國大學評價》課題組首次公布了南方醫科大學（原第一軍醫大學）的名次。在擁有100多所211工程大學、強校如林的中國普通高校中，并非211工程大學的南方醫科大學進入前80名，顯示該校有著很強的實力。

    《中國大學評價》課題組同時評出了16所2007年中國一流大學。中山大學、南開大學以研究1型首次進入中國一流大學。上年度，中國協和醫科大學是中國一流大學，更名為清華大學北京協和醫學院后，不再單獨評價。

    以武書連為組長的《中國大學評價》課題組還評出了35所2007年中國研究型大學。湖南大學首次進入研究型大學，該校是985工程大學。上年度，中國協和醫科大學、中國地質大學是研究型大學。在中國協和醫科大學更名為清華大學北京協和醫學院后，不再單獨評價。中國地質大學分為中國地質大學（武漢）、中國地質大學（北京）兩個學校后，都沒有進入研究型大學。

   與上年相比，中國大學前100名中，只有中國藥科大學因中國地質大學一分為二且二校都進入前100名、南方醫科大學進入評價體系而跌至101名，其他大學都保持在前100名。

   《中國大學評價》課題組同時完成了理學、工學、農學、醫學、哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、管理學等十一個學科門類的排名。清華大學獲得工學第一名，北京大學獲得理學、醫學、哲學、法學、文學第一名，中國農業大學獲得農學第一名，中國人民大學獲得經濟學第一名，北京師范大學獲得教育學、歷史學第一名，西安交通大學獲得管理學第一名。

    課題組也對中國大學200多個本科專業進行了排名，北京大學、清華大學的本科專業第一名數量大幅領先其他大學。