根據2008年教育部有關規定，北京大學、清華大學等68所高校（其中省內高校有南京大學、東南大學、南京航空航天大學、南京理工大學、河海大學、南京農業大學、中國礦業大學、中國藥科大學、江南大學、南京郵電學院共10所）在全國范圍內實行自主選拔錄取。高校自主選拔錄取人數原則上不超過該校年度本科招生計劃總數的5％（但教育部規定，只要高校生源多、質量好，自主招生將不受現有規定比例限制）。自主選拔錄取只招收應屆生。自主選拔錄取安排在本科第一批之前進行。

　　申請自主招生考生可按照院校規定，由中學、專家推薦，或考生本人自薦經所在中學向試點高校提供或確認推薦考生材料。2009年1月1日后，院校考核、選拔；入選考生與院校簽訂自主選拔錄取協議。入選考生將填寫《江蘇省2009年普通高校招生自主選拔錄取考生志愿表》，且只能填報與其簽訂協議的一所院校。2009年3月31日前，院校將入選考生信息數據上報教育部“陽光高考”平臺并將志愿表報送江蘇省教育考試院，經審核后，予以集中公示。

　　江蘇省教育考試院對高考總分達到本科第一批省控線、學業水平測試必修科目均達到C級及以上等級（技術科目須合格）、選修科目等級達到省及院校的相關規定,將在本一批次批量投檔前，先行向有關高校投檔，由高校根據原定錄取標準，擇優錄取。未被錄取的考生，院校將及時辦理退檔手續，以便其參加本一批次平行志愿的檢索。